将处理好的PDB导入PyMoL,设置spectrum为b-factor,如下图所示：此时的蛋白质结构：使用脚本调整一下颜色的范围（这些颜色名称在Color栏中都可以找到）
可以使用PalmReader打开。如果想把PDB文件转换成TXT文件查看，可以使用WavePDB转。⒈查看PDB文件头信息，可以修改名称，模拟器不支持中文PDB名称文件使用此功能修改比较方便；⒉查看所有记录，并显示各个记录的偏移地址、长度、属性...
-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (Opt.)//计算并保存B-factorvalues到-s提供的结构中或者可以用-q提供一个新的pdb结构
在阅读器上另存为txt文件，在用记事本打开修改后，用阅读器打开后再另存为pdb格式文件即可。PDB文件是PalmOS操作系统上数据文件类型。PDB文件，全称为“程序数据库”文件。PDB文件有三种形式：第一种只含有纯文本内容，这是P...
2、绘制好原子之后，使用鼠标右键点击想要修改颜色的原子，点击之后在出现的选项中，选择其中的Color这个颜色设置选项。3、并点击这个颜色设置选项之后打开设置选择颜色的界面，点击其中的Select这个选择按钮。4、点击之后用取色器...
charmm-gui上选RCSB格式就成，你也可以用BeeMD.org做结构优化，用的CHARMM的力场，能输出CHARMM的PDB,比CHARMM快些，也好上手
链标识:也可以修改PDB文件的链标识(chain).默认情况下,每类分子会被设定为chain.此外,可在每类分子的structure...endstructure节中使用changechains,这样链标识会交替取两个值(例如A和B).如果分子是多肽,这可能会有用,...
相对路径，就是相当你当前文件的位置比如你当前这个文件位置在f:\zx\下面，你的其它A、B、C文件也在该下面，那就是相对于当前文件来说，在相同目录下，所以路径可以不用填写，直接填写文件名就可以了<framesrc=...
一般可能不会意识到PDB文件的重要性，因为如果只是我们本地进行开发，总是能够进行调适。这里我要引入两个概念：PrivateBuild和PublicBuild。PrivateBuild指的是在开发机器上的编译，PublicBuild指的是在负责编译的机器上的...
首先是标准palmPDB格式文件，用这个工具转换。再次是handstory制作的pdb文件http://oldbbs.52samsung.com/viewFile.asp?ID=123014&Boardid=1使用方法形如：在命令行下运行，dehsibc.pdb，即可得到c.pdb....
2024/6/30