第一步:以H3K27Ac为中心蛋白,运用HiChIP分析确定子宫内膜细胞系中启动子相关染色质环,确立子宫内膜细胞系中染色体结合环的数量。HiChIP启动子环丰富了子宫内膜癌的遗传性第二步:通过Hi-C技术揭示-HiChIP启动子循环揭示子...
我们可以使用染色体构象捕获技术(3C,4C,Hi-C,HiChIP)来获取到3D基因组。在二维视角下的染色质疆域在三维视角下的染色质疆域目前,发现这些区域有一定的规律:为了更方便的研究,进一步把这些互作部分划分为:̳...
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因为HiChIP和4C类似的一点是都是一个感兴趣位点对多位点的互作,所以这里可以了解一些4C的背景;另外,HiChIP中也提到了viewpointcoverage的分析方法,这个分析方法就是借鉴了4C4C不仅可以检测大的染色质范围的相互作用,也...
作者自测的结果表明,添加linker后染色质内的互作比例比insituHi-C和HiChIP都有显著改善。图3.BL-HiC实验原理图除了cis/tran作为评判Hi-C数据的质量以外,Hi-C数据中还存在大量的无效数据,它们的存在会影响数据的有效利用率,以下...
在病毒研究方面,RIC-seq可用于病毒RNA的结构解析,为病毒感染的机制和开发抗病毒药物,也具有广阔的应用前景。RIC-seq技术的转化应用,将进一步丰富表观生物在医学表观遗传领域的产品线,并将与HiChIP技术(DNA-DNA互作)...
染色质构想捕获实验(3C)延伸出了一些新技术:Hi-C[8],HiChIP[4]和ChIA-PET[9],他们可以捕获到增强子与目的基因间的空间结构。Hariprakash和Ferrari将探究基因和增强子相互作用的方法分为四类:(1)基于相关性的方法估计所有增强子-启动...