有限责任公司股东退股后的清算方式：由清算组通知债权申报，并据此制定相关的清算方案。然后，按照所欠的职工工资、补偿金等费用，优于其他社会保险费、税款，优于普通债权的顺序进行清偿。一、如何顺序进行破产清算。1、成立清算组。2、通知或公告债权人，清算组应当在成立之日起10日内通知债权人，并于60日内在报纸上至少公告3次。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自第一次公告之日起九十日内，向清算组申报其债权。3、登记债权。债权人申报期债券，应当说明债券的有关事项，并提供证明材料。清算组应当对债权进行登记。