实践工程款结算纠纷处理过程中，通常存在的纠纷案由主要有以下几方面问题。（一）工程量纷争；工程量纷争一般与工程合同生效后的工程量增加有直接关系，但是这一类工程量增加未能做出及时的数据记录。并且也有很大可能是其未能与三方参建单位进行联系沟通，如隐蔽工程的工程量很容易被忽视，如果记录、处理、交流不及时，很肯能让发包商提出质疑。（二）竣工决算时间的争议。（三）合同违约的争议。无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。（四）材料价格市场波动的问题。