法律分析。合并协议的本质上是一个合同，因而对其效力的认定就是按照合同效力的认定规则来进行的。因此，公司合并协议的效力在法律上来讲出去特殊事项外是具有法律效力的。法律依据。《中华人民共和国民法典》。第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效。（一）行为人具有相应的民事行为能力。（二）意思表示真实。（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。第一百四十六条 行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。第一百四十七条 基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。