法律分析。一、土地性质不同。棚户区改造房土地属于国家划拨的，属于经适房的一种，上市交易需要满足一定的条件。而商品房的土地是开发商有偿购买的，开发商可自行规定其价格并出售。二、法律适用不同。房屋拆迁适用于《土地管理法》的相关规定。而对于棚改区，因为其属于国有土地，所以适用于《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定。三、补偿标准不同。棚户区改造是政府为了改造城镇内的危旧住房推出的一项工程，补偿的费用通常比较低；而商品房拆迁赔偿是拆迁人对于被拆迁人所给予的补偿，补偿费用比较高，通常补偿额度等同于所拆迁房的市场价值。法律依据。《国有土地上房屋征收与补偿条例》 第八条 为了保障国家安全、促进国民经济和社会发展等公共利益的需要，有下列情形之一，确需要征收房屋的，由市、县级人民政府作出房屋征收决定。