一、购房合同补充协议不合理怎么办。1、购房合同补充协议不合理的处理办法：如果不合理是指在订立合同时显失公平的。一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的情形，可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。不能达成补充协议的，可以按照合同相关条款或交易习惯来进行。2、；《中华人民共和国民法典》第一百四十七条，基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。《中华人民共和国民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。二、认购合同与购房合同有什么区别。