法律分析。施工合同补充协议的内容主要包括。1、对原协议遗漏的事项进行补充。2、原协议约定不明确需要补充明确。3、修改、变更原协议的相关内容。对于原合同与本补充协议不一致的，以补充协议为准。但是原合同明示不得变更的条款补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。法律依据。《中华人民共和国民法典》。第七百九十五条 施工合同的内容一般包括工程范围、建设工期、中间交工工程的开工和竣工时间、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期、相互协作等条款。