公司股权转让协议纠纷中，若双方事先约定有效的管辖法院，则适用其约定；若未约定或约定不明确，则适用法律规定，即被告住所地或合同履行地法院管辖；若多个被告住所地在不同法院辖区，各法院都有管辖权。法律分析；在公司股权转让协议纠纷中，如果双方当事人事先已经约定好管辖人民法院且约定有效的，那么可以适用其约定。双方当事人没有约定或约定不明确的，那么可以使用法律规定，也就是会让被告住所地或合同履行地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。拓展延伸；股权纠纷案件管辖权的审查与查询。