员工上下班发生交通事故的赔偿：若被认定为工伤，工伤保险基金支付医疗费用、交通费用、食宿费用及停工留薪期的工资福利待遇。法律依据为《工伤保险条例》。交通事故主次责任的确定缺乏明确法律规定，保险合同条款中规定的比例也不一致，造成当事人困惑。法律分析；一、员工上下班发生交通事故，公司需要如何赔偿。1、员工上下班发生交通事故，若被认定为工伤的，由工伤保险基金支付医疗费用、外地就医交通费、食宿费、住院期间的伙食补助费等；由用人单位支付停工留薪期内的，原工资福利待遇。2、法律依据：《工伤保险条例》。第三十条职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。职工治疗工伤应当在签订服务协议的医疗机构就医，情况紧急时可以先到就近的医疗机构急救。