合伙合同纠纷和加盟合同纠纷是不一样的，合伙合同纠纷是特许经营合同纠纷，加盟合同纠纷是是一般民事合同纠纷。两者在适用法律、合同内容、违约条款、承担违约金、加入或退出的流程是不同的，但是发生纠纷，都可以到冲裁机构申请仲裁，仲裁不成可以到人民法院提起诉讼。(一)、加盟合同纠纷是在入股人按股权多少享有管理权和分配收益上的纠纷，合伙合同纠纷是合伙人分享企业所得，并对企业亏损承担连带、无限责任上的纠纷。(二)、承担的资金不同，加盟合同纠纷是按照出资比例承担资金，合伙合同纠纷是按照合同的约定承担资金。一、调解合同纠纷应当遵循哪些原则。发生合同纠纷的双方当事人在通过第三方主持调解解决纠纷时，应当遵守以下原则。1、自愿原则。自愿有两方面的含义。