部门经理私自罚款员工不合法。用人单位以以下6种理由克扣员工工资的行为都是违法的。1、因为上班迟到被扣工资。2、请假扣三倍工资。3、员工员工辞职扣工资。4、因工作业绩未达标或者亏损扣工资。5、孕期产检扣工资。6、个人原因造成公司的损失扣工资。部门经理无权罚员工钱，严重侵害员工的合法权益。可以通过向劳动监察大队投诉，或直接申请劳动仲裁的方式予以解决。能否罚款决定于公司的规章制度，规章制度是否合法有效决定于。1、是否经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。2、用人单位是否公示，或者告知劳动者。劳动者申请劳动仲裁的流程如下：1、当事人向劳动争议仲裁委员申请劳动仲裁。2、提交书面仲裁申请。