由于清热解毒法的适应证多属于西医所说的传染性疾病或感染性疾病的范围，又由于此法所用的方剂和药物在实验中有明显的抑菌和杀菌效果，往往使人在临证时，凡见传染性疾病则不分在表、在里，在脏、在腑，是风、是寒，是湿、是热，即投清解毒法；凡见感染性疾病则不分初起与久病，脓成与未成，己溃与未溃，气血之盛与衰，即投清热解毒法，甚至把具有清热解毒功能的中药与方剂当作西药抗生素使用。凡见西医所说的炎症，即投清热解毒之品。如此造成了此法的泛用、滥用的结果。其危害，轻者使病症迁延难愈，重者致寒凉伤中败胃而贻害无穷。